Das ist sehr seltsam. Hab' gerade mit meiner HifiBerry Digi Pro auf einem RPi3B+ unter LibreELEC 9.0.1 getestet und da hat alles einwandfrei funktioniert.
Die einzigen Einstellungen die ich in den Audio settings geändert hatte waren das Audio output device auf "ALSA: snd_rpi_hifiberry_digi, S/PDIF" zu setzen und Limit sampling rate auf 96kHz (mehr schafft mein DAC nicht).
Die "Output configuration" sollte auf "Optimized" stehen (das ist default), dann wird automatisch die richtige Samplerate (bis zum eingestellten Maximum) verwendet.
Hast Du bei Dir irgendwellche Einstellungen geändert? Probier's am besten mal mit den default Settings (im Zweifelsfall einfach "Reset above settings to default" in den Einstellungen auswählen), in der config.txt muss für die Karte auch nichts eingetragen werden (die hat ein EEPROM drauf und wird damit automatisch erkannt/eingebunden).
so long,
Hias